Đối với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, Ngô Đình Diệm tuyên bố ngày 6 Tháng Bảy, 1955 trên đài phát thanh không chấp nhận Tổng Tuyển cử vì Quốc gia Việt Nam đã không ký vào Hiệp định Genève nên không bị ràng buộc bởi điều lệ trong Hiệp định.[75] Bên cạnh đó, chính quyền Ngô Đình Diệm cho rằng hiệp ước ngày 4 Tháng Sáu năm 1954—hơn một tháng trước Hiệp định Genève — giữa Thủ tướng Pháp Joseph Laniel và Thủ tướng Quốc gia Việt Nam Bửu Lộc mà theo đó Pháp đã công nhận sự độc lập hoàn toàn của Quốc gia Việt Nam nên Pháp không thể buộc chính phủ Việt Nam Cộng hòa thi hành những điều mà Quốc gia Việt Nam không ký sau khi đã được toàn quyền ứng xử.[31] Tuy nhiên, trên thực tế, Hiệp ước Matignon bao gồm 2 hiệp ước con: Thứ nhất là Hiệp ước về việc Quốc gia Việt Nam độc lập trong Liên hiệp Pháp, hiệp ước thứ 2 là về vấn đề việc Quốc gia Việt Nam tồn tại trong Liên hiệp Pháp. Hiệp ước cần được ký chính thức để có hiệu lực nhưng Hiệp định Geneve diễn tiến quá nhanh và đã được ký vào ngày 21/7/1954. Do vậy, Hiệp ước Matignon không bao giờ được hoàn thành.[76] Đặc biệt, khi Chính quyền của Thủ tướng Joseph Laniel đưa vấn đề trao trả độc lập cho Quốc gia Việt Nam thì bị Quốc hội Pháp kịch liệt phản đối.[77] Thậm chí, theo sử gia Daniel Grandclément thì dù Hiệp ước này được hoàn thành thì Pháp cũng không hề trao trả toàn bộ nền độc lập cho Việt Nam.[78] Một lý do khác nữa mà chính quyền Ngô Đình Diệm đưa ra để từ chối tổ chức Tổng Tuyển cử là vì họ cho rằng "không thể đảm bảo bầu cử tự do ở miền Bắc".[79] Tuy nhiên, Clark Clifford đã dẫn các báo cáo của Ủy hội Quốc tế Kiểm soát Đình chiến cho biết: trong giai đoạn 1954-1956, họ chỉ nhận được 19 đơn khiếu nại về việc trả thù chính trị trên toàn lãnh thổ miền Bắc Việt Nam.[80]

Theo Mortimer T. Cohen thì Ngô Đình Diệm không chấp nhận tổng tuyển cử, vì ông biết rằng mình sẽ thua. Không ai có thể thắng cử trước Hồ Chí Minh, vì ông là một George Washington của Việt Nam.[81] Báo cáo của CIA gửi Tổng thống Mỹ Eisenhower cũng cho rằng khoảng 80% dân số Việt Nam sẽ bầu cho Hồ Chí Minh nếu mở cuộc tổng tuyển cử.[82] Do vậy Hoa Kỳ đã hậu thuẫn Việt Nam Cộng Hòa để cuộc tuyển cử không thể diễn ra[83]. Cuộc tổng tuyển cử tự do cho việc thống nhất Việt Nam vì vậy đã không bao giờ được tổ chức.

Dầu vậy ngày 20 Tháng Bảy, 1955 Phạm Văn Đồng gửi văn thư kêu gọi hiệp thương và phái Văn Tiến Dũng vào Sài Gòn để đàm phán. Phái đoàn tạm lưu tại Khách sạn Majestic nhưng bị Hội đồng Nhân dân Cách mạng tổ chức biểu tình chống đối phái đoàn dữ dội; khách sạn bị bao vây và phóng hỏa khiến Ủy hội Quốc tế Kiểm soát Đình chiến Đông Dương (International Control Commission, ICC) phải can thiệp để phái đoàn bay về Bắc an toàn.[84] Việc hiệp thương với miền Bắc từ đó chấm dứt.

Theo Tuyên bố cuối cùng của Hiệp định Genève thì tổng tuyển cử ở cả hai miền được dự trù vào tháng 7 năm 1956 nhưng Tổng thống Ngô Đình Diệm bác bỏ mọi cuộc thảo luận sơ khởi vì nhiều lý do: Miền Bắc có dân số đông hơn miền Nam 2 triệu người (tính cả gần 1 triệu người miền Bắc di cư vào Nam). Hơn nữa, vào thời điểm 1955 – 1956, trước sự hỗn loạn bởi các giáo phái và do hoạt động bí mật của Việt Minh tại miền Nam, tình hình an ninh không khả quan. trong khi đó ở Miền Bắc cuộc Cải cách ruộng đất tại miền Bắc Việt Nam cũng tạo ra bầu không khí căng thẳng dẫn đến cuộc nổi dậy của nông dân tại các vùng lân cận Vinh. Tình hình bất ổn diễn ra ở cả hai miền khiến Ủy hội Quốc tế Kiểm soát Đình chiến Đông Dương không có hy vọng đảm bảo một cuộc bầu cử thật sự tự do trong đó cử tri có thể bỏ phiếu theo ý muốn mà không sợ bị trả thù chính trị.[85]

Sau năm 1960 khi xung đột vũ trang giữa chính quyền Ngô Đình Diệm và Mặt trận Giải phóng Miền Nam Việt Nam bắt đầu bắt đầu leo thang thì quan hệ giữa chính quyền Ngô Đình Diệm với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa càng thêm khó khăn. Đến năm 1962 thì tại Ủy hội Quốc tế Kiểm soát Đình chiến, hai phái đoàn Ấn Độ và Canada báo cáo rằng xung đột võ trang ở miền Nam do các lực lượng gửi vào từ miền Bắc đã vi phạm những điều cơ bản trong Hiệp định Genève khiến tình hình khó vãn hồi hòa bình giữa hai phe. Họ kêu gọi cơ quan thẩm quyền quốc tế can thiệp. Riêng phái đoàn Ba Lan bỏ phiếu chống và báo cáo rằng phong trào chống chính phủ là ở miền Nam vì chính sách thanh trừng những người Cộng sản của Việt Nam Cộng hòa.[86] Phía Đảng Lao động Việt Nam cho rằng các hành động đàn áp và vi phạm Hiệp định của chính quyền Ngô Đình Diệm đã buộc họ phải hỗ trợ phong trào cách mạng tại miền Nam chuyển hướng từ đấu tranh chính trị đơn thuần sang đấu tranh chính trị kết hợp đấu tranh vũ trang và vì phía chính quyền Ngô Đình Diệm vi phạm Hiệp định trước nên họ phải hỗ trợ phong trào cách mạng tại miền Nam để trả đũa các hành vi vi phạm Hiệp định của chính quyền Ngô Đình Diệm[87][88] Sau đảo chính năm 1963, một loạt hành vi đàn áp, thảm sát người dân và những người Việt Minh của chính quyền Ngô Định Diệm đã bị phơi bày.[89]